The challenges of collecting medical data on neurological disorder diagnosis problems paved the way for learning methods with scarce number of samples. Due to this reason, one-shot learning still remains one of the most challenging and trending concepts of deep learning as it proposes to simulate the human-like learning approach in classification problems. Previous studies have focused on generating more accurate fingerprints of the population using graph neural networks (GNNs) with connectomic brain graph data. Thereby, generated population fingerprints named connectional brain template (CBTs) enabled detecting discriminative bio-markers of the population on classification tasks. However, the reverse problem of data augmentation from single graph data representing brain connectivity has never been tackled before. In this paper, we propose an augmentation pipeline in order to provide improved metrics on our binary classification problem. Divergently from the previous studies, we examine augmentation from a single population template by utilizing graph-based generative adversarial network (gGAN) architecture for a classification problem. We benchmarked our proposed solution on AD/LMCI dataset consisting of brain connectomes with Alzheimer's Disease (AD) and Late Mild Cognitive Impairment (LMCI). In order to evaluate our model's generalizability, we used cross-validation strategy and randomly sampled the folds multiple times. Our results on classification not only provided better accuracy when augmented data generated from one sample is introduced, but yields more balanced results on other metrics as well.
translated by 谷歌翻译
Predicting the future development of an anatomical shape from a single baseline is an important but difficult problem to solve. Research has shown that it should be tackled in curved shape spaces, as (e.g., disease-related) shape changes frequently expose nonlinear characteristics. We thus propose a novel prediction method that encodes the whole shape in a Riemannian shape space. It then learns a simple prediction technique that is founded on statistical hierarchical modelling of longitudinal training data. It is fully automatic, which makes it stand out in contrast to parameter-rich state-of-the-art methods. When applied to predict the future development of the shape of right hippocampi under Alzheimer's disease, it outperforms deep learning supported variants and achieves results on par with state-of-the-art.
translated by 谷歌翻译
图形神经网络(GNNS)在包括田野医学成像和网络神经科学在内的各个领域都取得了非凡的增强,在诊断自闭症等挑战性神经系统疾病方面,它们表现出很高的准确性。面对医学数据稀缺性和高度私人性,培训此类渴望数据的模型仍然具有挑战性。联合学习通过允许在多个数据集上培训模型,以完全保存数据的方式来独立收集,从而为该问题提供了有效的解决方案。尽管最先进的GNN和联合学习技术都侧重于提高分类准确性,但它们忽略了一个关键的未解决问题:研究GNN模型中最歧视性生物标志物(即功能)的可重复性(即功能),在联合学习范式中选择。量化预测医学模型的可重复性,以防止培训和测试数据分布的扰动,这是克服转化临床应用时要克服的最大障碍之一。据我们所知,这介绍了第一批研究联合GNN模型的可重复性,并应用了对医学成像和大脑连接数据集进行分类的应用。我们使用对医学成像和连接数据集训练的各种GNN模型评估了我们的框架。更重要的是,我们表明联邦学习可以提高GNN模型在此类医学学习任务中的准确性和可重复性。我们的源代码可在https://github.com/basiralab/reproduciblefedgnn上获得。
translated by 谷歌翻译
训练单次学习模型的核心挑战是数据空间可用镜头的有限代表性。特别是在网络神经科学领域,大脑被表示为图,这种模型在对大脑状态进行分类时可能会导致低性能(例如,典型与自闭症)。为了应对这一点,大多数现有作品都涉及数据增强步骤,以增加培训集的规模,其多样性和代表性。尽管有效,但这种增强方法仅限于生成与输入镜头相同的样品(例如,从单个射击矩阵中产生大脑连接矩阵)。据我们所知,从单个脑图中产生大脑多编码捕获多种类型的连通性的问题仍然无法解决。在本文中,我们空前提出了一个混合图神经网络(GNN)架构,即多编码发电机网络或短暂的多gnemphnet,包括两个子网络:(1)将大脑多机的输入人群集成到单个gnn中模板图,即连接脑神庙(CBT)和(2)一个反向一对多的U-NET网络,该网络在每个训练步骤中都采用了学习的CBT并输出重建后的输入多数法文人群。两个网络都使用循环损失以端到端的方式训练。实验结果表明,与每个班级的单个CBT训练相比,对在增强大脑多数式的训练进行训练时,我们的多gnetet会提高独立分类器的性能。我们希望我们的框架能够阐明单个图的未来对多编码增强的研究。我们的Multigraphgnet源代码可在https://github.com/basiralab/multigraphgnet上获得。
translated by 谷歌翻译
对比自我监督的学习最近通过归纳偏见使fMRI分类受益。它的弱标签依赖可阻止在小型医疗数据集上过度适应,并解决高层差异方差。尽管如此,现有的对比方法仅在3D医学图像的像素级特征上生成相似的对,而揭示关键认知信息的功能连接性则不足。此外,现有方法可以预测单个对比度表示的标签,而不识别患者组中的相邻信息,而室内对比度可以作为适合基于人群的分类的相似性措施。我们在此提出了针对基于人群的fMRI分类的对比功能连接图。功能连通图上的表示形式“驱逐”,同时均相对“互相吸引”。然后,将更新类似患者之间的连接的动态人群图进行分类。在多站点数据集ADHD200上进行的实验验证了所提出的方法对各种指标的优越性。我们最初可视化人口关系并利用潜在的亚型。
translated by 谷歌翻译
变形金刚占据了自然语言处理领域,最近影响了计算机视觉区域。在医学图像分析领域中,变压器也已成功应用于全栈临床应用,包括图像合成/重建,注册,分割,检测和诊断。我们的论文旨在促进变压器在医学图像分析领域的认识和应用。具体而言,我们首先概述了内置在变压器和其他基本组件中的注意机制的核心概念。其次,我们回顾了针对医疗图像应用程序量身定制的各种变压器体系结构,并讨论其局限性。在这篇综述中,我们调查了围绕在不同学习范式中使用变压器,提高模型效率及其与其他技术的耦合的关键挑战。我们希望这篇评论可以为读者提供医学图像分析领域的读者的全面图片。
translated by 谷歌翻译
无创医学神经影像学已经对大脑连通性产生了许多发现。开发了几种实质技术绘制形态,结构和功能性脑连接性,以创建人脑中神经元活动的全面路线图。依靠其非欧国人数据类型,图形神经网络(GNN)提供了一种学习深图结构的巧妙方法,并且它正在迅速成为最先进的方法,从而导致各种网络神经科学任务的性能增强。在这里,我们回顾了当前基于GNN的方法,突出了它们在与脑图有关的几种应用中使用的方式,例如缺失的脑图合成和疾病分类。最后,我们通过绘制了通往网络神经科学领域中更好地应用GNN模型在神经系统障碍诊断和人群图整合中的路径。我们工作中引用的论文列表可在https://github.com/basiralab/gnns-inns-intwork-neuroscience上找到。
translated by 谷歌翻译